Kolej Dua Belas adalah salah sebuah entiti di bawah struktur pentadbiran Pejabat Timbalan Naib Canselor (Hal Ehwal Pelajar dan Alumni). Kolej ini bertanggungjawab secara langsung dalam menyediakan penginapan yang selesa, persekitaran yang selamat dan kondusif untuk pelajar serta melahirkan pelajar dengan personaliti yang unggul.
Kolej Dua Belas dibuka pada Mei tahun 2000. Pada mulanya penginapan hanya dibuka untuk siswi sahaja. Kemudian kolej ini dibuka untuk siswa. Penyelenggaraan kemudahan di Kolej Dua Belas diletakkan di bawah tanggungjawab PJSD yang merupakan sebuah syarikat swasta. Pengelolaan aktiviti pula berada di bawah tanggungjawab pihak Kolej Dua Belas dan Univerisiti Putra Malaysia. Penstrukturan semula Kolej Dua Belas telah dilaksanakan pada akhir tahun 2006 di mana berlakunya pembahagian Blok dan Wing.